1. Всегда пишется раздельно. Это — вопросительно восклицательное сочетание слов (частиц). Они выделяются запятыми, если выражают удивление, вопрос, или запрашивает подтверждение.
Примеры:
Это был не он, что ли?
Это, что ли, был не он?
2. Но если «что ли» не выражает удивление, вопрос, или не запрашивает подтверждение, то запятая не ставится. В таких случаях, как правило, это сочетание выражает предположение.
Примеры:
Но клапан что ли заело, или масло закончилось, поэтому двигатель не завелся.
Среди друзей есть такие писатели, романтики что ли, находят прекрасное во всем что видят.
(Но обособляется конструкция, в которую входит «что ли», если такая есть).
