Всегда пишется раздельно: и в значении «брать руками» и в значении «быть в недостаточном количестве».
Примеры:
Щенок уже не хватает хозяина за ноги.
В кассе не хватает ста рублей.
Только этого не хватало.
Пишется раздельно, так как без «не» слово употребляется и имеет то же значение:
Ему хватает денег на жизнь.
С меня хватит!
Поэтому применяется общее правило для глаголов (в отличие от слов «недоставать» / «не доставать»).