«Почему» — местоименное наречие. Само по себе оно не требует постановки запятых.
Пример:
Ты почему это сделал?
Но на постановку знаков препинания могут влиять другие факторы. Например, наличие вводных слов, частей сложного предложения и т. п.
Пример:
Я не знаю, почему он уехал.
Это сложно предложение, и его части разделяются запятыми.
Пример с вводным словом:
По-твоему, почему он это сделал?
