1. Если эта фраза целиком находится в одной части сложного предложения (или в простом предложении), то запятые между входящими в нее словами не ставятся.
Пример:
Если ему есть что сказать, то пусть обратится к Алексею Антоновичу.
В этой фразе «что» является местоимением, а не союзом, поэтому запятая перед «что» не ставится.
2. Но иногда эти слова могут находиться в разных частях сложного предложения, и на их границе ставится запятая.
Пример:
Факты есть, что сказать — не знаю.
У меня предположение есть, что сказать он не мог из-за конспирации.
В первом примере «что» также является местоимением, а во втором — союзом.